这事眼看就要成功了，谁知，公使龚照瑗复职了。他一回来就觉得哪里不对，这使馆里很多外国人往来不断，似乎出了什么大事。他赶忙叫来宋育仁，问他走了这段时间到底出了什么事。宋育仁只好把自己这段时间所做的事情说了一遍，并希望得到龚照瑗的支持。龚照瑗一听就火了，大声说：“你这不胡闹吗？奇袭日本？亏你想得出！你以为这是小孩子做游戏？我告诉你，这件事赶紧停下，不然，会出大事的！”宋育仁据理力争：“顾炎武说过‘国家兴亡匹夫有责’，我虽然只是一名小小的参赞，但我不想看着大清被倭寇欺负。好，此事你不支持也罢，我自己去办！”说完拂袖而去。龚照瑗指着宋育仁的背影，气地说不出话来。

因为龚照瑗刚从国内回来，知道清廷已打定和日本媾和，就算你宋育仁的设想能实现又能怎样？你那边打过去了，这边和好了，慈禧太后不认为你故意捣乱吗？思前想后，龚照瑗电告清廷，说了这件事。

果然如龚照瑗所料，慈禧接到电文，没看完就撕了个粉碎。他立即找来李鸿章，问他知不知道这件事，李鸿章摇摇头说不知道。慈禧强压怒火将电文复述了一遍。李鸿章一听，赶紧说：“老佛爷，此事万万不妥啊。你想，我们好不容易说服日本人签订合约，宋育仁这不捣乱吗？我们的北洋水师怎么样，还不是被打败？想他区区两千雇佣兵，就是到了日本，也会变成冤死鬼，何苦呢？”

慈禧点点头，说：“这个宋育仁，真不知天高地厚！传我的懿旨，购船募兵等事，一概作废；宋育仁妄生事端，速电招其回国。”李鸿章答应一声，下去办了。

远在英国的宋育仁万万没有想到，自己的一腔报国之情竟落得如此结局。但他还不死心，梦想朝廷能改变主意，以实现他奇袭日本的宏伟战略构想。谁知，1895年3月，清廷与日本签署了丧权辱国的马关条约，以海外募集水师奇袭日本的计划真正胎死腹中。宋育仁接到圣旨，仰天长叹。在回国途中，他写成了《借筹记》，详详细细地记了这事的经过，以表壮志未酬之情。

因为这件是事关重大，战后清廷本打算对宋育仁作进一步的处理，但多人上书，表示此事不宜深究。因为这一惊人壮举，牵连、涉及的人物确实太多，不仅有朝廷重臣，还有很多友好的外国人士。慈禧思前想后，决定不再深究此事，只是收缴了他出使时所赏赐的二品顶戴，仍降回四品原职，回翰林院供职了。因为这件事太另类，没有被记录清史稿中。但此后宋育仁没有消沉，1896年，宋育仁到重庆主持四川商务矿务，设立商务局，兴办洋烛、煤油、煤矿、玻璃、白蜡、卷烟、药材等公司，为四川绅商领袖。1897年，创办了重庆历史上第一家爱国杂志《渝报》，也是中国资产阶级最早创办的白话报纸之一，树起了维新宣传的旗帜，兴起了四川、重庆近代史上第一次思想解放的潮流。